Главный герой киноленты « Пока цветёт папоротник» просыпается в холодном поту от собственного же крика. Последнее время его мучат кошмары. В его снах мелькают заброшенные колодцы. Он видит страшные силуэты чёрных деревьев. Его пугают светящиеся глаза чудовищ и оборотней. Невразумительные очертания пугают его.
Кирилл вздыхает и подходит к распахнутому окну. Он прислушивается к шуму ночной Москвы. Вдыхает липкий и душный июльский воздух. Ещё несколько дней и наступит праздник – Ивана Купала.
Он ещё не знает, что в его жизни наступают важные перемены, которые связаны с этим праздником. Ему невдомёк, что уже завтра он будет спасаться от преследований по тайным тропкам среди сибирских кедров обрывистых алтайских скал. Будет бороться за жизнь, барахтаясь в водах горной реки.
Он, его сестра Саша и несколько случайных попутчиков оказываются ввергнутыми в водоворот странных приключенческих событий. Герои фильма дети современной цивилизации, они не могут даже предположить, что оказались в таких странных обстоятельствах только из-за того, что ввергнуты в борьбу невидимых им мистических существ.
Идя туристическими тропами, группа попадает на территорию, где обычные законы природы не действуют. Реальность этого мира иная. У героев остаётся ограниченное время до начала цветения папоротника – мистического растения, цветущего только в ночь на Ивана Купала.
Это цветок, позволяющий узнавать мысли людей на расстоянии, обнаруживать в земле клады и повелевать мистическими духами.